Un solo genotipo del coronavirus generó el 60% de los casos en la primera semana de marzo

Un trabajo del consorcio SeqCovid-Spain, liderado por investigadores del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), ha recogido muestras del genoma del virus procedente de 30 hospitales de toda España. El estudio ha observado que la diversidad genómica del coronavirus en España es única en Europa, y más cercana a los genotipos del virus circulantes en Asia entre finales de 2019 y principios de 2020. 

Fuente: CSIC


España |
27 de octubre de 2020

Investigadores del consorcio SeqCovid-Spain, coordinado desde el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), ha publicado un informe propio que muestra el mapa de la diversidad genómica del SARS-CoV-2, causante de la covid-19, durante los primeros tres meses de la epidemia (de febrero a abril), es decir, la primera ola.

Virus de la familia coronaviridae. / Luis Enjuanes CNB-CSIC

Los resultados revelan que la diversidad genómica del coronavirus en España es única en Europa y más cercana a los genotipos del virus circulantes en Asia entre finales de 2019 y principios de 2020. Este hecho concuerda con la introducción temprana del virus en el país, sobre todo a partir de la segunda mitad de febrero, con una expansión muy veloz a todo el territorio nacional.

El trabajo no es un estudio revisado por otros científicos independientes (pares) pues, como se reconoce en el propio texto, “no es un documento de publicación científica sino un informe de situación para las autoridades sanitarias”.

No existe paciente 0

Los análisis científicos han identificado un mínimo de 519 entradas en el país dentro de las 2.170 secuencias del principio de la epidemia analizadas. Por tanto, no existe un paciente 0.

Pero no todas esas entradas tuvieron éxito epidemiológico. Solo unas pocas llegaron a generar un número sustantivo de casos. Sin embargo, las pocas que cuajaron tuvieron un gran peso en la epidemia.

“Entre las secuencias analizadas se ha identificado un genotipo que generó el 30 % de todos los casos secuenciados, llegando a representar un 60 % en la primera semana de marzo”, indica el investigador del CSIC que colidera el trabajo, Iñaki Comas, del Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC).

“Una reconstrucción detallada de dicho genotipo demuestra que se introdujo múltiples veces y simultáneamente desde Italia, por lo menos en Madrid y Valencia, antes de que el país transalpino diera la voz de alarma”, explica el investigador.

“Al éxito de estas introducciones contribuyeron eventos de superdispersión –añade–, como un funeral en Vitoria, que ayudaron a este genotipo concreto a mantenerse y expandirse rápidamente. La alta movilidad entre provincias españolas hizo el resto para que el genotipo se convirtiera en el más exitoso de la primera ola en España”.

El confinamiento acaba con genotipos exitosos

Los análisis también demuestran la alta efectividad del confinamiento durante marzo y abril, que prácticamente eliminó estos genotipos exitosos, ya que no se han vuelto a detectar en la segunda ola. “De hecho, en esta segunda ola se están viendo nuevos genotipos aparecer con patrones similares a los mencionados en este trabajo”, dice Comas.

El investigador advierte: “Uno de los mensajes más importantes extraídos del informe es la necesidad de tomar medidas de restricción a tiempo para contener estos genotipos antes de que se expandan y tengan un peso tan importante en la epidemia. Como ocurre en otras partes del mundo, al éxito de estos genotipos contribuye una combinación de múltiples introducciones asociadas a eventos de superdispersión y a una alta movilidad”.

Además, el informe sugiere la necesidad de implementar sistemas de vigilancia temprana que identifiquen la expansión de determinados genotipos localmente y entre provincias, de tal manera que se puedan tomar decisiones informadas sobre las actuaciones a realizar para contenerlos.

Un consorcio con más de 30 hospitales

El informe del consorcio SeqCovid-Spain ha sido liderado, además de por Iñaki Comas, por la viróloga Mireia Coscolla del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio) del CSIC y la Universidad de Valencia; junto con Fernando González Candelas, responsable de la Unidad Mixta de Investigación en Infección y Salud Pública de la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica (FISABIO) de la Generalitat Valenciana.

Este consorcio aúna los esfuerzos de más de treinta hospitales de toda España, así como de laboratorios de genómica y salud pública. Como resultado, España es ahora mismo el segundo país de Europa con más muestras del genoma del virus recogidas, y el cuarto del mundo, con un total de 4.244 secuencias, de las cuales el consorcio ha secuenciado 3.800.

Gran parte del esfuerzo de secuenciación de este trabajo se realizó en las instalaciones de la Fundación FISABIO pero también en diversos hospitales de España, entre los que se encuentran el Hospital General Universitario Gregorio Marañón de Madrid, el Hospital Clínic de Barcelona, el Centro de Investigación Biomédica de La Rioja, el Hospital San Pedro de Logroño, el Hospital de Elche y el Hospital Universitario Son Espases de Palma de Mallorca. El consorcio está financiado por la PTI Salud Global del CSIC y por el Instituto de Salud Carlos III, como mayor contribuyente.


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