Del virus del Zika se han diferenciado dos cepas que se distribuyen en dos zonas geográficas, África y en Asia. Pertenece a la familia Flaviviridae, que se divide en tres géneros: los Hepacivirus, cuyo prototipo es el virus de la hepatitis C; los Pestivirus entre los cuales se encuentran el virus de la peste porcina clásica y el de la diarrea viral bovina; y los Flavivirus, el género más abundante y el que da nombre a la familia.

Según Alfredo Berzal, investigador del Instituto de Parasitología y Biomedicina ‘López-Neyra’, en los Flavivirus se incluyen muchos microorganismos que son importantes patógenos para el hombre. Entre ellos destacan el virus del Dengue, el de la fiebre amarilla, el de la encefalitis japonesa, el de la encefalitis de Sant Louis, el de la encefalitis del valle del Murray, el West Nile Virus o virus de la fiebre del Nilo Occidental y el virus de la encefalitis trasmitida por garrapata.

Este género se clasifica, a su vez, en tres grupos, en función del organismo vector que transmite el virus al hospedador vertebrado: los transmitidos por mosquitos, entre los que se encuentra la categoría Aedes al que pertenece el virus del Zika; los que utilizan las garrapatas; y los de vector desconocido.

El investigador señala que se han descrito alrededor de 70 virus distintos pertenecientes al género Flavivirus aunque estudios teóricos estiman que pueden existir más de 2000 virus transmitidos por mosquitos.