Además de su valor epidemiológico, con esta herramienta interactiva la secuenciación genómica de las muestras de pacientes permite realizar un estudio filogenético del virus, mostrando las mutaciones que experimenta a lo largo del tiempo, sus características y sus posibles relaciones con mayor virulencia o transmisividad.
La colaboración y coordinación estrecha multidisciplinar (salud pública, asistencia sanitaria y microbiología), dentro del Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía, con los científicos del Área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud está permitiendo elaborar un mapa epidemiológico del Sars-CoV-2 en Andalucía, una herramienta interactiva que permite el control de la pandemia así como la detección de nuevas variantes potencialmente asociadas a mayor virulencia o transmisibilidad.
Una de las tablas de información sobre la evolución del Covid-19 en Andalucía con la que trabajan los expertos.
Uno de los objetivos principales que se ha marcado Consejería de Salud y Familias, a través de la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica, es poder dibujar un mapa que represente la evolución del coronavirus en Andalucía y que sirva para el control epidemiológico de la pandemia. Con esta herramienta es posible ver cómo se ha transmitido el coronavirus en Andalucía desde los inicios, cuáles han sido las zonas con un mayor índice de contagio y también cómo han influido las medidas sanitarias que se han ido implantado, entre otros aspectos.
Pero además de su valor epidemiológico, la secuenciación genómica de las muestras de pacientes permite realizar un estudio filogenético del virus, mostrando las mutaciones que experimenta a lo largo del tiempo, sus características y sus posibles relaciones con mayor virulencia o transmisividad.
Secuenciar el genoma del virus «es como leer el libro de instrucciones para descifrar su funcionamiento», explica Joaquín Dopazo, director del Área de Bioinformática Clínica. «Esto permite comparar cada libro de instrucciones y ver semejanzas y diferencias entre ellos, que son luego relacionados con los cuadros clínicos que haya presentado cada paciente del que procede la muestra», señala.
Este proyecto implica a 15 hospitales de la región, institutos y centros de investigación, y centros de atención primaria de toda Andalucía. Se trata de una red multicéntrica y colaborativa y ha sentado las bases para la puesta en marcha de un circuito que permite incluir la secuenciación genómica del virus en la práctica clínica por primera vez.
La reciente recomendación de la Ponencia de Alertas y Planes de Preparación y Respuesta y de la Comisión de Salud Pública del Consejo Interterritorial de secuenciar entre el 5 y el 10% de los pacientes aislados por SARS-CoV-2 tuvo como consecuencia la aplicación de una instrucción en Andalucía para la integración de la secuenciación genómica en la vigilancia del SARS-CoV-2 de la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica, que pudo ser puesta en marcha rápidamente gracias al circuito que se ha generado con este proyecto. Y es que, según Dopazo, «este proyecto sienta las bases del circuito que hay que realizar para llevar a cabo el proceso de secuenciación que actualmente se realiza en Andalucía».
Dos centros de referencia
En este sentido, para el efectivo desarrollo del trabajo, se han establecido dos centros de referencia para la recepción y secuenciación de las muestras. De una parte, el Hospital Virgen del Rocío de Sevilla para cubrir la zona occidental de Andalucía (las provincias de Cádiz, Córdoba, Huelva y Sevilla). De otra, el Hospital San Cecilio de Granada para la zona oriental (Almería, Granada, Jaén y Málaga).
Hasta llegar a estos centros de referencia, otros hospitales y centros de Atención Primaria son eslabones de la cadena que trabajan de forma coordinada con el Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía, integrado por los profesionales de Salud Pública de los distritos y hospitales, Epidemiología de las Delegaciones Territoriales Provinciales y Servicio de Vigilancia y Salud Laboral. Al final de esta cadena, el último eslabón, es el Área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud, donde sus profesionales analizan los datos obtenidos de la secuenciación, reportan a los centros de referencia los resultados para que estos informen al Ministerio de Sanidad de los hallazgos en la comunidad andaluza y los incorporan a las herramientas bioinformáticas para su interpretación más detallada.
Con carácter general, tras la valoración oportuna de cada caso por los profesionales de Salud Pública, se realiza la secuenciación de aquellos casos en los que hay sospecha de reinfección; infección con vínculos epidemiológicos con personas o lugares donde se haya detectado una nueva variante más transmisible o virulenta; casos con sospecha de infección por variantes que escapen a la inmunidad; o situaciones en las que se sospecha una alta transmisión o virulencia. Además, se realizará la secuenciación de un número de muestras seleccionadas de forma aleatoria y representativa de las muestras semanales positivas a SARS-CoV-2.
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