Año y medio después de la irrupción de la pandemia se publica el artículo científico más completo sobre las variantes del coronavirus que circularon por España durante la llamada primera ola. El estudio, publicado en Nature Genetics, identifica nueve variantes del virus que dominaron entre los meses de marzo y junio de 2020.

Equipo de SeqCOVID en el IBV-CSIC. / CSIC

Entre ellas, las dos más comunes procedían de un linaje del SARS-CoV-2 abundante en países asiáticos en ese momento, aunque el virus se introdujo principalmente por contactos procedentes de países europeos con más de 500 introducciones.

El trabajo confirma que el confinamiento impuesto sirvió para reducir drásticamente la transmisión de estas variantes, incluso de las más contagiosas, que fueron sustituidas por otras a partir del verano de 2020 cuando se relajaron las medidas de control.

El estudio utilizó 2.500 muestras de pacientes diagnosticados en España durante la primera ola de la pandemia, recogidas por 40 hospitales y secuenciadas por el consorcio SeqCOVID, un equipo integrado por más de 50 instituciones españolas y cientos de investigadores que lideran el Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV), del CSIC, junto con la Universitat de València y la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (Fisabio).

Las muestras analizadas suponen un 1 % de todos los casos diagnosticados en la primera ola (el 14 % antes del confinamiento).

Equipo de SeqCOVID en el I2SySBIO. / CSIC-UVSuperdispersión y movilidad, clave en las diferentes olas

El grupo de investigación identificó nueve variantes del virus (denominadas SEC, del inglés spanish epidemic clades), que fueron las que dominaron esta primera ola en España. Dos de ellas (SEC7 y SEC8) fueron las primeras detectadas en el país y las predominantes durante ese periodo, y se asocian al menos a dos eventos de superdispersión conocidos: el partido Atalanta-Valencia de la Champions League y un funeral de Vitoria, aunque se identifican focos tempranos en otras partes del país.

No hubo una única introducción del virus en España sino múltiples entradas independientes (al menos 500), desde distintos orígenes internacionales. Estas se dieron principalmente durante febrero y marzo de 2020, antes de la implementación de las medidas de control.

“La mayoría de infecciones de la primera ola antes del confinamiento en España fueron provocadas por cepas del linaje A del coronavirus. Estas eran abundantes en los países asiáticos en aquel momento, pero tenían menos presencia en el resto de países europeos, donde dominaban cepas de linaje B”, explica Álvaro Chiner, investigador en el IBV.

“Esto no quiere decir que las introducciones de SARS-CoV-2 en nuestro país fueran mayoritariamente asiáticas. En realidad, vemos que la mayoría provienen de países europeos, pero las cepas de linaje A se establecieron antes y –gracias a eventos de superdispersión– se expandieron en nuestro país rápidamente”, añade.

Los científicos observaron un patrón similar para la variante que dominó en la segunda ola (denominada 20E(EU1)). Dicha variante se expandió rápidamente en España ayudada por eventos de superdispersión y terminó dominando la segunda ola en el país y gran parte de Europa, asociada a la movilidad del verano.

Equipo de SeqCOVID en FISABIO. / Fisabio

Confinamiento eficaz

Además, el trabajo cuantifica la efectividad de las medidas implementadas para el control del virus durante la primera ola. Todas las variantes identificadas redujeron su prevalencia y transmisión a partir del estado de alarma. Prácticamente desaparecieron al final de la primera ola, y fueron reemplazadas por nuevas variantes que surgieron en el verano, cuando se relajó el encierro.

“El confinamiento fue altamente efectivo para parar la transmisión del virus. No solo para las variantes dominantes SEC7 y SEC8, sino para todas las que circulaban en aquel momento, incluyendo aquellas que contenían la mutación del gen S –llamada D614G–, que fue la primera que demostró incrementar la transmisibilidad del virus”, remarca Mariana López, investigadora del IBV y coautora del estudio.

“Algo similar estamos viendo a través de las olas. Detectamos variantes más transmisibles, pero su impacto se puede controlar con las medidas de control adecuadas. Allá donde esas medidas no han existido o son más relajadas, las variantes han agravado los rebrotes. Ocurrió en Reino Unido con la variante alpha y está ocurriendo en España con la delta”, indica Iñaki Comas, coordinador de SeqCOVID.

Los resultados de este trabajo, así como el de la segunda ola –publicado recientemente en Nature–, demuestran la necesidad de incorporar la epidemiología genómica como una herramienta más de salud pública para rastrear el virus e identificar las variantes de mayor impacto.

Mapa que muestra la introducción y dispersión de las principales variantes del coronavirus durante la primera ola de la pandemia en España (marzo-junio 2020). / SeqCOVID

Referencias:

López, M.G., Chiner-Oms, Á., García de Viedma, D. et al., The first wave of the COVID-19 epidemic in Spain was associated with early introductions and fast spread of a dominating genetic variant, Nature Genetics (2021). DOI: https://doi.org/10.1038/s41588-021-00936-6

Hodcroft, E.B., Zuber, M., Nadeau, S. et al., Spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020, Nature (2021). DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03677-y