El Museo de Etnobotánica del Real Jardín Botánico de Córdoba se inauguró el 23 de septiembre de 1992, durante el I Congreso Internacional de Etnobotánica. La finalidad de la creación de este Museo fue rendir un homenaje a las culturas y pueblos indígenas americanos por el legado de sus valiosos conocimientos tradicionales sobre multitud de especies de gran trascendencia para la Humanidad.

El Museo está formado por tres salas de exposición permanente, una sala de exposiciones temporales, tres invernaderos de flora americana, un auditorio con salas complementarias y una sala de fondos.

El guión expositivo se desarrolla mediante paneles explicativos de los hitos fundamentales de las milenarias interacciones entre humanos y plantas, con piezas museísticas testimoniales de la colección etnobotánica, y se complementa con audiovisuales y módulos interactivos.

Durante el recorrido por ocho espacios temáticos a través de las salas e invernaderos, el Museo muestra la evolución del conocimiento etnobotánico desde sus inicios hasta la época de las grandes expediciones científicas al Nuevo Mundo, finalizando con una exposición de los principales biomas de la Tierra, de la biodiversidad y la importancia de su conservación en beneficio de las generaciones venideras.

Los espacios temáticos en los que se realiza  la visita son:

1. Culturas y Plantas.
2. Un viaje a través del tiempo.
3. La Domesticación. La agricultura en el Viejo Mundo.
4. El afán de aventura y la búsqueda de las especias.
5. Las expediciones científicas.
6. El encuentro de dos mundos.
7. La biodiversidad.
8. La conservación de la biodiversidad.